北京大學生命科學學院陸劍課題組和中國科學院上海巴斯德研究所崔杰課題組合作撰寫的論文《SARS-CoV-2的起源與持續進化》，日前發表在由中國科學院主辦的英文綜合性期刊《國家科學評論》上，對新冠病毒基因組的演化動態進行深入研究和解讀。該研究最早提出了新冠病毒存在兩個主要譜系，從基因組水平上加深了我們對這種新型病毒的認識，對新冠肺炎疫情的臨床診斷具有重要參考價值。
陸劍課題組與崔杰課題組通過對新冠病毒和近緣病毒進行系統發生分析，發現新冠病毒雖然與蝙蝠冠狀病毒RaTG13的基因組總體差異較小，但其基因組內中性進化位點的差異高達17%，表明新冠病毒在進化過程中經歷了非常強的自然選擇。通過對新冠病毒和來自馬來穿山甲的冠狀病毒的核苷酸比較，推測新冠病毒與其分歧事件并非近期發生，也說明新冠病毒的起源可能更為復雜。
陸劍課題組與崔杰課題組通過對當時公共數據庫中僅有的103個新冠病毒基因組全序列進行分子演化系統分析，首次發現依據兩個高度連鎖的突變位點(分別位于參考基因組的第8782和28144位)，可以把新冠病毒主要分為“L”和“S”兩個譜系，因基因組28144位突變對應的氨基酸分別是亮氨酸(L)和絲氨酸(S)而得名。在103個新冠病毒樣品中，72個為“L”譜系，29個為“S”譜系;在另外2個樣品中，1例可能是L和S譜系的混合體，而另1例由于發生了突變而不屬于這兩個譜系。雖然“L”譜系比“S”譜系更為普遍，但是進一步分析表明，“S”譜系更接近在蝙蝠和穿山甲體內發現的病毒，提示“S”更為古老。他們的數據分析還表明，新冠病毒的L和S兩個譜系不是新近由于堿基發生變化而產生的，而是在病毒暴發的早期可能就已經存在了。陸劍介紹，“我們的研究從分子演化的角度加深了對新冠病毒的認識”。
“我們之前的研究是根據當時103個新冠病毒基因組全序列進行分子演化系統分析，得出了初步的階段性結果;下一步我們還要連點成線，并結合臨床數據和流行病學結果開展深入研究。”陸劍課題組正在深入研究新冠病毒序列在世界范圍內的變化趨勢，并與廣州醫科大學、武漢大學相關團隊展開合作，將進化分析與臨床數據相結合，做進一步研究。“我們希望和病毒學家、臨床大夫等更多領域的科研工作者進一步合作，結合更多的基因組數據、臨床信息及實驗數據來更好地了解病毒，在充分認識病毒的基礎上尋求最佳的治療方法，服務于科學的抗疫政策的制定，最終戰勝疫情。”陸劍說。